サーバ上にあるファイルをWindows上に移した際や、Windous上で何かの操作時に出来上がってしまうことのある「権限が異なるファイル」やら「壊れ気味のファイル」や「文字コードが変なファイル」ですが、コマンドプロンプト上で
> del /a /f “対象のファイル”

と打ち込むと、削除できることもあります。
削除出来ない際には、試してみるのもありかと。